Es la unidad operacional del PROCISUR, responsable de la gestión general y administración del Programa, asesorando e implementando las decisiones emanadas de la Comisión Directiva.

Es la encargada de la programación,  coordinación, seguimiento y evaluación de las actividades técnico-científicas del Programa, en articulación directa con el CATI y de acuerdo con las decisiones de la CD.

Está a cargo de un Secretario Ejecutivo y cuenta con un mínimo de personal técnico, administrativo y financiero para realizar sus funciones.