En los últimos años la mayoría de los países latinoamericanos comenzaron a reconocer el rol de la institucionalidad pública y privada para comprometer la innovación con el desarrollo. En ese marco los INIA pasaron a tener una función importante y estratégica como generadores de bienes públicos y soporte de la política pública dirigida al SA, fortaleciendo las alianzas con el sector privado para alcanzar un crecimiento económico con salud ambiental e inclusión social.
Sin embargo, durante la década de los 90’s los INIA en general y los de Bolivia y Paraguay en particular, hoy representados por el INIAF y el IPTA, fueron desestructurados y/o debilitados para el cumplimiento de sus funciones. De igual forma quedaron debilitadas sus infraestructuras y, en particular, las capacidades profesionales para la prospección, investigación e intervención en el medio rural.  En síntesis, fueron afectadas sus capacidades para generar conocimiento e innovación y aportar al diseño de las políticas públicas en el ámbito productivo, científico-tecnológico y del desarrollo rural.
El mejoramiento de estas capacidades debe permitirles actuar integradamente en las cadenas de valor, agroecosistemas y territorios mejorando la competitividad, la sustentabilidad ambiental y la equidad social en el SA y en el ámbito territorial rural, acorde a las necesidades de sus respectivos contextos.
En este proceso, el INIAF y el IPTA, ambos de reciente creación, necesitan una colaboración amplia y decidida tanto de sus propios gobiernos, de los sectores productivos y de los sectores científico-tecnológicos, como de la cooperación internacional. En este ámbito, el IICA tiene la oportunidad de utilizar este fondo concursable para concretar una contribución efectiva en la consolidación de ambos institutos a través de sus oficinas en Bolivia y Paraguay mediante los programas de concentración técnica y de coordinación transversal. Cuenta además con el asesoramiento y apoyo técnico del PROCISUR a través de sus Plataformas Regionales, en particular, la Plataforma Regional de Innovaciones Institucionales para el Desarrollo (PRINIDES), que posibilitan aprovechar las capacidades y experiencias de otros institutos tecnológicos de mayor antigüedad y desarrollo en la región.