Es la máxima autoridad de decisión del PROCISUR, actúa como órgano colegiado y núcleo de reflexión sobre el pensamiento, la estrategia y la visión a futuro del Programa. Prioriza las acciones, supervisa y evalúa la marcha del Programa.
El Equipo Técnico está compuesto por personal técnico y de investigación de las instituciones miembro y por otras organizaciones y consultorías independientes que participan de las acciones del Programa.