Con esa finalidad fortaleció y consolidó sus cinco Subprogramas: Biotecnología, Recursos Genéticos, Recursos Naturales y Sostenibilidad Agrícola, Agroindustria y Desarrollo Institucional, integrándolos en un modelo técnico que ausculta la realidad a través de tres ejes básicos: las cadenas agroindustriales, los agroecosistemas y la agricultura familiar. De esta forma, la agroindustria articula a los mercados y resuelve la competitividad; los agroecosistemas viabilizan la ingerencia sobre la salud del ambiente y la agricultura familiar posibilita poner el foco sobre el aporte de la tecnología a la equidad social.

El tratamiento de la realidad a través del desarrollo tecnológico implica hoy en día actuar con una concepción amplia del criterio de innovación que abarca la investigación pero también las formas de organización y gestión que permiten asegurar valor agregado e impacto económico y social. La globalización y apertura económica exige trabajar con la agricultura ampliada, es decir, con el conjunto del Sistema Agroalimentario y Agroindustrial y las redes de innovación plantean el desafío de identificar estrategias de cooperación multidisciplinaria e interinstitucional en el seno del Sistema de Ciencia y Tecnología nacional e internacional.

Focalizado el contexto productivo y científico/tecnológico y clarificados los ejes de percepción de la realidad restaba identificar instrumentos de intervención que garanticen el logro de resultados e impactos en el orden económico y social. Esto sólo es posible diseñando las acciones con objetivos específicos, metas claras, y un análisis ex-ante de los beneficios a generar en un plazo de tiempo aceptable para la sociedad. Por tal motivo, el PROCISUR reorientó su sistema de planificación y evaluación a través del uso de proyectos, basados en la consolidación de distinto tipo de redes de innovación preocupadas con la solución de los problemas más prioritarios para el Cono Sur.

Por tanto, en esta reorientación del PROCISUR los Subprogramas si bien siguen fortaleciendo sus capacidades específicas se están comprometiendo con un proceso de integración conceptual y operativa para atacar los principales problemas subregionales. Esta acción es promovida a su vez mediante el reordenamiento de las pautas presupuestarias que establecen la asignación de recursos por proyectos, con la intención de consolidar un "fondo común cooperativo" que articule el marco conceptual con acciones de intervención sobre los problemas de mayor impacto potencial en el sector agropecuario y agroindustrial del Cono Sur.

Por último, esta estrategia está siendo fortalecida mediante la puesta en ejecución del Proyecto: "Organización y Gestión de la Integración Tecnológica Agropecuaria y Agroindustrial del Cono Sur" financiado por el Banco Interamericano de Desarrollo (BID). Este Proyecto a través de tres grandes módulos: articulación de demanda y oferta; reingeniería institucional; y, gestión del proceso de cambio, permitirá consolidar, mediante una amplia articulación institucional con el Sistema de Ciencia y Tecnología, tanto del Cono Sur como del ámbito internacional y con el Sistema Agropecuario y Agroindustrial, un PROCISUR capaz de enfrentar los desafíos del Siglo XXI.