• Se fortaleció la articulación institucional interna (INIAs/IICA) y externa (Sistema Agroalimentario y Agroindustrial-SAA y Sistema Científico y Tecnológico-SCyT), tanto a nivel nacional como internacional.

• Se dio inicio a un ejercicio prospectivo creando al Grupo de Escenarios y Políticas y desarrollándose el Foro Estratégico de Solís, Uruguay, en noviembre 1996.
• Se reorientó la visión "ofertista" del Programa hacia las "nuevas demandas" interviniendo en la realidad a través de tres grandes ejes: cadenas agroindustriales (competitividad); agroecosistemas (salud ambiental) y agricultura familiar (inclusión social).
• Se fortalecieron los cinco Subprogramas avanzando en su integración conceptual y operativa para intervenir conjuntamente en esos tres ejes de la realidad, promoviendo la ejecución de proyectos multidisciplinarios e interinstitucionales
• Se modificó la asignación presupuestaria para implementar la planificación por proyectos, buscando asegurar las fuentes de financiamiento y la creación de valor agregado e impacto económico y social.
• Se reorientó el proceso de seguimiento y evaluación para garantizar ese cometido.
• Se situó la percepción del agronegocio y de los problemas tecnológicos a nivel de la subregión o MERCOSUR Ampliado (MERCOSUR más Chile y Bolivia), en cuanto nuevo espacio político, económico y social (más que como área geográfica-Cono Sur).
• Se puso en marcha el Proyecto Global PROCISUR/BID a través del cual se profundiza la apertura a los sectores público y privado, tanto por el lado de la demanda (SAA) como de la oferta de tecnología (SCyT) creando las bases para concretar alianzas estratégicas y conformar redes de innovación que superan los límites de la propia subregión.
• Se avanzó en posibilidades de generar valor agregado e impacto a nivel subregional en un marco de apertura externa, prepararando las condiciones básicas para consensuar una visión estratégica y modelo de financiamiento/organización a través de un nuevo convenio.

Biotecnología

• Bioseguridad y comercialización de transgénicos.
• Transferencia de genes en plantas cultivadas e instalación de cañones génicos en los INIAs del Cono Sur.
• Prospección y mejoramiento genético de productos de interés comercial.
• Valoración de recursos genéticos vegetales por biotecnologías adecuadas.
• Mejoramiento de la calidad genético-sanitaria de plantas "in vitro", especialmente en el sector hortifrutícola.
• Incorporación de técnicas avanzadas de propagación masiva para aumento de la demanda de variedades dentro de los procesos de reconversión productiva.
• Desarrollo de programas avanzados de mejoramiento genético asistido por marcadores.
• Reproducción, diagnóstico y epidemiología molecular de enfermedades de animales domésticos.

Recursos genéticos

• Defensa de la propiedad y gestión de los recursos genéticos de la región en foros internacionales.
• Creación y fortalecimiento de los programas nacionales de recursos genéticos.
• Repatriación y regeneración de razas de maíz importantes para el mejoramiento genético y uso directo de los agricultores.
• Multiplicación, caracterización y conservación de líneas avanzadas de trigo en el Cono Sur (LACOS), esfuerzo colaborativo coordinado por el CIMMYT.
• Recolección de especies de forrajeras nativas y naturalizadas en los Bosques Andino-Patagónicos de Argentina y Chile.
• Integración entre la conservación y el uso económico de los recursos genéticos.

Recursos Naturales y Sostenibilidad Agrícola

• Recomendación de políticas ambientales para el sector agropecuario.
• Planificación y uso sustentable del territorio.
• Monitoreo y uso de indicadores de sustentabilidad.
• Evaluación económica de los recursos naturales, contabilidad y auditoría ambiental.
• Manejo integrado de plagas y cultivos, rotaciones y fertilidad de los suelos.
• Valoración del impacto ambiental en las cadenas agroalimentarias y agroindustriales.

Agroindustria

• Mapeo de 14 cadenas agroalimentarias del Cono Sur y diseño de la matriz de requerimientos tecnológicos.
• Profundización del conocimiento tecnológico en la cadena de frutas y hortalizas.
• Inserción de la dimensión agroalimentaria en los INIAs del Cono Sur.
• Metodologías para prospección institucional / tecnológica en el área agroindustrial y análisis de la articulación sectores público/privado (Proyecto INIAs / BID / ISNAR-PROCISUR).
• Inicio de investigación conjunta en tipificación, calidad y termo procesamiento de carnes, y alimentos mínimamente procesados.

Desarrollo Institucional

• Análisis comparativos de los modelos organizacionales de los INIAs y alternativas de transformación.
• Políticas de recursos humanos, evaluación e incentivos del personal.
• Evaluación interinstitucional de centros nacionales de investigación.
• Prospección de la demanda para la investigación agropecuaria y evaluación de impactos.
• Priorización de la investigación agropecuaria dentro de las cadenas agroalimentarias (Proyecto IICA/BID/IFPRI-PROCISUR).
• Análisis de los sistemas de propiedad intelectual a nivel nacional y alternativas de compatibilización regional.

Simultáneamente, con financiamiento externo, el PROCISUR está liderando la ejecución del Proyecto "Desarrollo de la siembra directa para la conservación de suelos" (fondos BID) y el Proyecto "Caracterización y desarrollo de germoplasma para mejorar la calidad del trigo" (fondos FONTAGRO). Está coordinando y administrando, también, con fondos FONTAGRO, los Proyectos "Desarrollo de tecnologías para el manejo integrado de la fusariosis de la espiga del trigo" y "Caracterización genética de Nothofagus obliqua y N. Alpina mediante marcadores moleculares e isoenzimáticos".