Antecedentes
El PROCISUR, desde sus inicios en 1980, ha experimentado transformaciones en su estrategia y objetivos para adaptarse a los cambios políticos, económicos y científico-tecnológicos ocurridos en el contexto regional y global. En una primera fase, el Programa utilizó la escala regional para resolver demandas comunes de las economías nacionales.

Esta fase comprendió dos etapas:
  • 1980-1992: inicio y consolidación. En este período el PROCISUR generó un importante aporte a la fase final del proceso de industrialización por sustitución de importaciones dominante en los países de la región, contribuyendo al incremento de la oferta agregada de commodities agropecuarios. En consecuencia, el principal objetivo del Programa fue la promoción del intercambio técnico horizontal y el apoyo recíproco entre instituciones para homogeneizar los niveles de conocimiento tecnológico, fortaleciendo la investigación en los principales rubros de cereales, oleaginosas y bovinos. Esta acción fue complementada por el apoyo a la internalización del enfoque de sistemas de producción y al uso de los mecanismos de transferencia tecnológica. Esta participación del Programa contribuyó para lograr importantes aumentos en la productividad de los principales rubros agropecuarios, generando altas tasas de retorno a la investigación agrícola.
  • 1993 – 1997: fortalecimiento de las bases innovativas. La apertura comercial y económica iniciada en los noventa en los países de la región modificó la estrategia del Programa que orientó su accionar en el desarrollo y fortalecimiento de las capacidades científico-tecnológicas mínimas para favorecer el acceso de todos los países al progreso técnico y a las fuentes de innovación, que los preparase para competir en el mercado regional y global. Organizó sus actividades en 5 áreas estratégicas: 1. Recursos Genéticos; 2. Biotecnología; 3. Recursos Naturales y Sostenibilidad Agrícola; 4. Agroindustria; y 5. Desarrollo institucional.

A partir de 1998 el PROCISUR inicia una segunda fase donde asume como objeto de intervención la propia región, en su entidad económica, política y social, proponiéndose impulsar la integración tecnológica del sistema agroalimentario y agroindustrial del MERCOSUR ampliado. Esta segunda fase distingue tres etapas:
  • 1998 – 2006: integración regional y perspectiva internacional. El PROCISUR consolida la apertura de su modelo institucional y se inserta en el bloque regional para afrontar el desafío de acceder a los mercados mundiales (competitividad internacional) promoviendo el desarrollo ambiental y social en el ámbito del MERCOSUR ampliado. Para implementar esta estrategia se utilizaron tres ejes de acción: desarrollo de una cartera de proyectos cooperativos; rediseño de la organización institucional; lanzamiento de las Plataformas Tecnológicas Regionales (PTR) y redes de innovación, abriendo el Programa a alianzas público-privadas. Durante este período se instalaron las PTR en calidad de las cadenas agroalimentarias; saltos de competitividad (con énfasis en biotecnología); sustentabilidad ambiental; agricultura familiar; y agricultura orgánica; y se institucionalizó la Red de Recursos Genéticos del Cono Sur (REGENSUR).
  • 2007 – 2014: sistema agroalimentario y agroindustrial, innovación y articulación. A partir de los cambios iniciados en la fase anterior, el Programa orientó su accionar en estas tres direcciones, adicionando una visión sistémica e integradora de la agricultura con el resto de la economía y articulando con un conjunto más amplio de actores del sector privado en la definición y ejecución de los proyectos y actividades de cooperación. Durante este período se amplió el concepto de plataformas que pasaron a ser Plataformas Regionales (PR) y se implementaron y reformularon las plataformas regionales: calidad integral; recursos naturales e hídricos; agricultura familiar; biotecnología; nanotecnología; tecnologías de la información y comunicación; innovaciones institucionales; agricultura de precisión; y recursos genéticos.

En 2014 ante la necesidad de suscribir un nuevo convenio de cooperación, la Comisión Directiva se planteó repensar la estrategia del PROCISUR como forma de incrementar el alcance e impacto del Programa a nivel regional y de los INIA a nivel de los países y adaptarse a un contexto nacional, hemisférico y global cada vez más complejo y dinámico. Este cambio se refleja en tres innovaciones institucionales complementarias:
  1. la de incluir un pilar de apoyo a la construcción de políticas públicas y desarrollo institucional en su estrategia, ampliando el efecto de las acciones del Programa y complementando las enfocadas a la promoción del intercambio, la cooperación y la organización de sistemas que lo caracterizaron en el período reciente
  2. la de operar con un conjunto más amplio y dinámico de instrumentos de gestión para la ejecución de las actividades, facilitando atender demandas de corto, medio y largo plazo y articular acciones entre los tres pilares y las líneas estratégicas priorizadas
  3. la de fortalecer los procesos de internalización de la estrategia regional en los países, coordinando y retroalimentando de manera más eficaz las agendas institucionales de los INIA, el IICA y PROCISUR, a través de la institucionalización de las Mesas País.

La evaluación externa del período 2011–2014 identificó logros importantes, especialmente en lo que respecta a la captación de proyectos con financiamiento externo y al desarrollo y fortalecimiento de las capacidades institucionales y de recursos humanos regionales. Existe una satisfacción generalizada, a varios niveles de stakeholders, con los logros y el cumplimiento de la misión del Programa. 

El actual PMP 2015 - 2018 plantea innovaciones en los niveles estratégico, táctico y operacional buscando fortalecer la gobernanza y los procesos de internalización e internacionalización del Programa y continuar contribuyendo a la reducción de las asimetrías entre los INIA de la región. Complementariamente, procura potenciar las oportunidades que brindan la creciente demanda mundial de alimentos para la cual el Cono Sur tiene los recursos (naturales y humanos) para producirlos y obtener seguridad y soberanía alimentaria regional, así como hacer un uso más eficiente de la institucionalidad regional, fortaleciendo los lazos con las instancias políticas y técnicas existentes.